Фамилия Нохратская — редкая и территориально привязанная. Её окончание -ская сразу указывает на происхождение от географического названия: такую фамилию получали дворяне по своему поместью или, чаще, выходцы из определённой местности. В основе лежит топоним Нохрат — это название реки, села или урочища.

Скорее всего, корень «нохрат» — тюркского происхождения. В ряде тюркских языков «нохрат» или «ноғрат» означает «горох», «нут». Так могли назвать реку с мелкими округлыми камнями на дне, напоминающими горошины, или местность, где сеяли эту культуру. Встречаются также варианты «Нахрат» и «Нухрат» — например, река Нухрат (приток Вятки) в татарской топонимике связана с тем же корнем. Если предки были из тех краёв, фамилия могла закрепиться за переселенцами, которые перебрались в другую губернию и стали «Нохратскими» по месту прежнего жительства.

По суффиксу -ская фамилия тяготеет к польско-белорусской или великорусской дворянской модели, но это не значит, что все носители — потомки шляхты. В XIX веке такие фамилии часто давали семинаристам — их записывали по названию родного села или прихода. Встречается и обратный вариант: крестьяне, переселившиеся из деревни Нохраты (если такая существовала), могли получить фамилию при освобождении от крепостной зависимости в 1861 году.

Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Нохра́тская. Фамилия не имеет никакого отношения к «норе» или «храму» — это случайное созвучие. В современной России она встречается единично, в основном в центральных и южных областях, что подтверждает её локальное, а не массовое происхождение.