Фамилия Новокрещинова — редкий случай, когда в основе лежит не профессия, не место жительства и не личное имя, а целый социальный статус. Она образована от прозвища Новокрещен, которое в Московской Руси давали человеку, недавно принявшему православие. Чаще всего так называли крещёных татар, башкир, мордву или других инородцев, перешедших из ислама или язычества. Прозвище было не столько личным, сколько учётным: в документах XVII века такие люди фиксировались как «новокрещены» и долго сохраняли этот ярлык, даже если крестились в детстве.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Новокрещинов — «сын Новокрещена», «из семьи Новокрещеных». Вариант с буквой «щ» вместо «ш» (Новокрещинов, а не Новокрешенов) — это особенность северных и южнорусских говоров, где звук «щ» произносился твёрже и мог заменять «шч» или «ш». Такая орфография встречается реже, чем более привычная «Новокрещенов», и сразу выдаёт региональный диалект носителя, который записывал фамилию «на слух».

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — территориям, где в XVI–XVII веках активно шла христианизация местных народов. В архивах Казанской, Симбирской и Уфимской губерний часто встречаются крестьяне и однодворцы с фамилией Новокрещеновы и её вариантами. Новокрещиновы, вероятно, происходят из той же среды, но с более узким ареалом — возможно, из бывших вотчин татарской знати, принявшей православие.

Словообразовательная модель здесь необычна ещё и тем, что прозвище «Новокрещен» — это калька с греческого «неофит», но в русском языке оно стало фамилией напрямую, без уменьшительных суффиксов. То есть это не «внук Новокрещена», а именно «потомок того, кого так звали». Другие фамилии от того же корня — Новокрещенных, Новокрещенский — встречаются, но Новокрещинов стоит особняком из-за диалектного написания.

Если искать исторические параллели, то фамилия Новокрещинова — это прямой маркер межэтнического контакта: предки носителя почти наверняка были не русскими по крови, но вошли в русскую культуру через крещение. В дворянские роды такие фамилии не попадали — носители оставались в крестьянском или мещанском сословии, реже — в купечестве. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не известно, что только подтверждает её «низовое» происхождение.