Фамилия Ножеева при первом взгляде кажется прозрачной — корень «нож» наводит на мысль о ремесле или прозвище. Но её словообразовательная модель сложнее, чем кажется. Форма Ножеева — женский вариант мужской фамилии Ножеев. А вот с происхождением основы не всё однозначно. Самая вероятная версия: фамилия образована от прозвища Ножей, которое, в свою очередь, происходит от слова «нож». В русской ономастике такие прозвища обычно давали не просто «тому, кто делает ножи» (для этого чаще использовали суффикс -арь: Ножарь, Ножарёв), а человеку с острым, резким характером или, наоборот, мастеру, который работал с ножом в прямом смысле — например, раздельщику туш на бойне или резчику по кости. Суффикс -ей в основе (Ножей) указывает на прозвищную форму, типичную для севернорусских и вологодских говоров, где имена и прозвища на -ей были распространены (сравните: Косой — Косей, Глухой — Глухей).

Впрочем, есть и альтернативная, хотя и менее вероятная, гипотеза. В некоторых тюркских языках существует слово «ноже» (или близкое по звучанию), означающее «стройный», «статный». Если фамилия имеет тюркские корни (например, у татар или башкир), то Ножеев могло быть образовано от личного имени Ноже с помощью русского патронимического суффикса -ев. Однако для этого должно быть документальное подтверждение бытования такого имени, а пока оно не зафиксировано в известных ономастических словарях. Поэтому версия с русским прозвищем Ножей остаётся основной.

Географически фамилия Ножеев и Ножеева редкая. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах, где исторически пересекались русские и тюркские антропонимические традиции. Это косвенно подтверждает, что фамилия могла возникнуть на стыке культур: русское прозвище закрепилось в смешанной среде, или тюркское имя было русифицировано. Точных данных о сословной принадлежности носителей нет, но по модели образования (суффикс -ев, а не -ов) можно предположить, что фамилия оформилась не в центральных великорусских землях, а на окраинах, где в XVII–XVIII веках активно шёл процесс закрепления прозвищ за крестьянскими и казачьими родами.

Стоит обратить внимание и на написание: двойное «е» в середине (Нож-е-ева) не свойственно типичным русским фамилиям, где после корня обычно стоит суффикс -ов- (Ножов). Эта особенность — ещё один аргумент в пользу того, что основа не прямая «нож», а именно прозвище Ножей. Таким образом, предок современных Ножеевых, скорее всего, был человеком с острым языком или работал с ножом, а его прозвище в форме Ножей закрепилось как фамильное имя в одном из регионов русского Севера или Поволжья.