Фамилия Ножка — редкий случай, когда прозвище стало фамилией без всяких суффиксов. Она относится к «чистым» фамилиям, которые закрепились в том же виде, в каком существовало прозвище. Такая модель встречается в основном у выходцев из западных регионов (Украина, Беларусь) или у людей, получивших фамилию от писаря, который записал её «как слышал», не добавляя типовых окончаний -ов, -ев или -ин.

Основа — слово «ножка». Вряд ли речь шла о части тела: в русской ономастике прозвища по частям тела (Голова, Нога, Рука) обычно указывали на внешность или рост. Ножка могла быть ироничным прозвищем невысокого человека, но куда вероятнее, что корень лежит в быту. Ножкой называли не только маленькую ногу, но и часть мебели (ножка стола, стула), подставку, а также меру длины или объёма в народном обиходе. Человек, делавший ножки для мебели, мог получить такое прозвище по ремеслу.

Есть и другая версия: уменьшительное от имени Ногай (тюркского происхождения) или от прозвища Нога, которое давали хромому или косолапому. Но фамилия Ножка, в отличие от Ногин, не содержит патронимического суффикса, что говорит о более прямом, прозвищном происхождении.

В документах фамилия встречается редко. В переписных книгах XVII–XVIII веков её почти нет — скорее всего, она была локальной. Основные очаги — южнорусские губернии (Курская, Воронежская) и Украина. Сейчас носителей немного, и фамилия остаётся одной из тех, что не размениваются на типовые окончания, сохраняя исходный облик прозвища.