Фамилия Ножков почти наверняка образована от прозвища Ножок. В русском языке суффикс -ок часто давал уменьшительно-ласкательную форму, но в прозвищах он мог указывать на размер предмета или на отношение к нему. Ножок — это маленький нож, и прозвище могли дать человеку, который постоянно носил с собой небольшой нож, либо тому, кто изготавливал ножи, либо просто человеку с острым, режущим языком. Модель образования проста: прозвище Ножок → притяжательное прилагательное с суффиксом -ов- («чей?» — Ножков сын, то есть сын Ножка) → фамилия Ножков.

Стоит учесть, что в старину слово «ножок» имело и переносное значение — так называли тонкую, заостренную часть какого-нибудь инструмента или даже хитрый, изворотливый ход в споре. Поэтому прозвище могло относиться не к оружию, а к характеру или внешности: например, худой и юркий человек. В ономастике известен случай, когда фамилия Ножков фиксируется в писцовых книгах XVI–XVII веков в новгородских землях, что указывает на довольно раннее бытование этой модели.

Редкая деталь: в отличие от массовых фамилий на «нож» (Ножов, Ножиков), форма Ножков сохранила старый уменьшительный суффикс, который в прозвищах часто терялся. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был не просто «ножом», а именно «ножком» — то есть прозвище было ласкательным или ироничным, а не грубым. Сословно фамилия не была закреплена за дворянами: в основном её носили крестьяне, ремесленники и посадские люди, что подтверждается данными по переписям XIX века в центральных губерниях России.