Фамилия Нуштакина — это не самостоятельная основа, а вариант более старой фамилии Нуштайкина. Такое чередование «й» и «к» в корне — не редкость в русской ономастике: звук «й» перед суффиксом мог упрощаться или заменяться, давая более удобное для произношения сочетание. Поэтому, говоря о происхождении, мы всегда возвращаемся к исходной форме — Нуштайкин.

Корень у этой фамилии, скорее всего, тюркский. Основой послужило личное имя или прозвище Нуштайка, которое, вероятно, принесли на Русь выходцы из тюркских народов. Имя это составное, и его части хорошо читаются по-древнетюркски: «нуш» переводится как «живой», а «тай» — «жеребенок». Смысл получается красивый и понятный: родители, называя так сына, желали ему расти резвым, крепким и здоровым, как молодой жеребенок. В этом пожелании — вся суть древних имен-оберегов, которые должны были передать ребенку силу и живость.

Дальше все идет по стандартной для русских фамилий модели. Имя Нуштайка стало основой, к нему добавился притяжательный суффикс «-ин», который в русском языке обозначает принадлежность: «чей сын?» — «Нуштайкин». Позже, при переходе в женский род, фамилия приобрела окончание «-а», дав форму Нуштайкина, а затем и ее вариант Нуштакина.

Сам процесс закрепления фамилии за родом был долгим. В крестьянской среде фамилии часто окончательно оформлялись только к XIX веку, а до этого люди могли жить с прозвищами, которые менялись от поколения к поколению. Поэтому назвать точную дату и место, где впервые появились Нуштакины, без глубоких генеалогических изысканий невозможно. Однако само имя, легшее в основу, подсказывает, что предки носителей этой фамилии могли иметь контакты с тюркоязычным миром — либо через смешанные браки, либо проживая в регионах с сильным влиянием татарской или башкирской культуры.