Фамилия Нусин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать её по частям: основа «Нус-» и типичный русский фамильный суффикс «-ин». Суффикс «-ин» в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Нусин» значит «сын Нусы» или «человек из семьи Нусы». Вся загадка, таким образом, упирается в имя или прозвище Нуса.

Самая вероятная версия — что Нуса это сокращённая, бытовая форма канонического имени. В православных святцах есть имя Анувий (редкое, но фиксируемое), а также Авксентий. В народной речи такие имена легко ужимались: Авксентий мог превратиться в Аксён, а затем и в Нусю. Ещё один кандидат — имя Иона, которое в просторечии давало формы Ион, Йона, а в некоторых говорах — Нюса или Нуса. Таким образом, предок носителя фамилии Нусин мог в быту зваться Нусой, а в крещении носил одно из этих церковных имён.

Вторая гипотеза отталкивается от прозвища. В северных и сибирских говорах словом «нуса» (или «нуся») могли называть плаксу, нюню, капризного человека. Глагол «нусеть» означал хныкать, ныть. Прозвище Нуса мог прилепиться к ворчливому или обидчивому человеку. Такие прозвища по характеру давали часто и охотно, и они нередко становились основой фамилий, особенно если человек был известен в деревне именно этой чертой.

Третья, менее распространённая версия — тюркское происхождение. У некоторых тюркских народов (особенно у татар и башкир) встречается имя Нуси, Нуся — как вариант арабского Нух (Ной) или уменьшительное от Нурислам. В этом случае фамилия Нусин могла быть русифицирована через добавление суффикса «-ин» при переходе в русскую среду. Но это предположение слабее: фамилия Нусин не фиксируется как распространённая в татарских родословных, в отличие от фамилий вроде Нуруллин или Нуриев.

Географически фамилия Нусин встречается точечно — в основном на юге России (Краснодарский край, Ростовская область) и в некоторых областях центральной России. Массовых очагов нет, что подтверждает её происхождение от редкого имени или локального прозвища. Сословной принадлежности угадать не получится: «-ин» встречается и у крестьян, и у мещан, и у духовенства — это самый массовый тип фамилий, и Нусин мог появиться в любой среде.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что фамилия Нусин образована от уменьшительного имени Нуса, которое восходит к одному из редких православных имён (Анувий, Авксентий или Иона). Версия с прозвищем «плакса» менее вероятна, но полностью отбрасывать её нельзя — такие прозвищные фамилии в русском языке тоже обычны.