Фамилия Нягусев — редкая, и её происхождение упирается в диалектное или тюркское слово, а не в привычную славянскую лексику. Скорее всего, в основе лежит прозвище Нягус, которое получил человек с необычной походкой или манерой говорить.

Ключ к разгадке — суффикс -усев. Он нетипичен для русских фамилий, образованных от полных христианских имён. Обычно так оформляли прозвища, где корень заканчивался на -ус: Нягус + -ев. Формант -ев, а не -ов, указывает, что основа оканчивалась на мягкий согласный или шипящий (в данном случае на «с»).

Само слово «нягус» могло возникнуть от глагола «нягать» — в некоторых южнорусских и украинских говорах это значит «икать» или «издавать гортанные звуки». Тогда Нягус — прозвище человека, который часто икал или имел невнятную, «глотающую» речь. Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским «нягыз» (крепкий, настоящий), однако географически фамилия тяготеет к зонам русско-тюркского пограничья, например, к бывшей Орловской или Курской губерниям, где оседали выходцы из степей.

В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова эта фамилия не фигурирует — она относится к числу локальных, «кабинетных» прозвищ, которые не попали в общероссийские перечни. Носители фамилии Нягусев встречаются в основном в центральной России и Поволжье, но численность её крайне мала.

Словообразовательная модель проста: прозвище Нягус + патронимический суффикс -ев. Это значит, что предок носителя фамилии был известен в своей общине под этим прозвищем, а его дети стали Нягусевыми. Никакого отношения к знатным родам или духовенству фамилия не имеет — это типичный пример крестьянского или мещанского прозвания, закреплённого в документах XIX века.