Фамилия Нягуева — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает все прочие гипотезы. Основа «Нягу» (или «Нягул») — это румынское или молдавское личное имя или прозвище, происходящее от слова «neag» — «чёрный». В ономастике это аналог русского прозвища Чернявый или украинского Чорний. Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий от иноязычной основы: «чей сын? — Нягуев». То есть предок носителя фамилии был человеком по имени Нягу (или с прозвищем Нягул), а его потомки, попав в русскую языковую среду, получили фамилию по отцу.

Спорная версия, которую иногда выдвигают, — связь с тюркским словом «нягу» (ягода) или с кавказскими корнями. Она маловероятна: во-первых, в тюркских языках нет устойчивого личного имени с таким значением, во-вторых, фамилия Нягуева почти не встречается в регионах традиционного тюркского влияния. Основной ареал фамилии — юг России, особенно Ростовская область, Краснодарский край и Ставрополье. Это зона, где исторически была высока доля молдавского и румынского населения (переселенцы из Бессарабии, казаки-некрасовцы, беженцы времён русско-турецких войн). Именно там имя Нягу как раз фиксируется в метрических книгах XIX века.

Ударение в фамилии плавающее: в русской среде чаще говорят Ня́гуева (с ударением на первый слог), но в молдавском оригинале имя звучало как Нягу́, поэтому возможен вариант Нягу́ева. Словообразовательно фамилия проста: корень «нягу-» + патронимический суффикс «-ев». В отличие от фамилий на «-ин», которые образуются от основ на -а/-я (например, Нягин), суффикс «-ев» здесь стоит потому, что основа заканчивается на гласный «у» и не подходит под правило «ин».

Если говорить о социальном контексте: носители фамилии Нягуева в дореволюционной России — это преимущественно крестьяне и казаки, реже мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Сегодня фамилия остаётся достаточно редкой — по разным подсчётам, её носит от нескольких сотен до полутора тысяч человек в России и странах бывшего СССР.