Фамилия Нягусева — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, «Нягус», не встречается в списках распространённых русских имён или прозвищ, что заставляет искать корни за пределами великорусской традиции. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, заимствованного из тюркских или кавказских языков, где основа «няг» или «нягу» могла означать «нежный», «слабый» или, напротив, быть частью сложного имени. Например, в некоторых тюркских наречиях «няг» близко к «яг» — «хороший», «друг». Вторая часть «-ус» может быть уменьшительным или адаптирующим суффиксом при переходе в русскую среду.

Суффикс «-ев» указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от основ, оканчивающихся на согласный или мягкий знак. Фамилия Нягусева — женская форма, мужская — Нягусев. Такая модель типична для второй половины XIX века, когда фамилии активно закреплялись у крестьян и мещан. Географически фамилия могла закрепиться на юге России, в Поволжье или на Северном Кавказе — в зоне контакта славянского и тюркского населения.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: образование от канонического имени через искажение. Например, от греческого имени Аггей (др.-греч. Ἁγναῖος — «святой», «чистый») в диалектной форме «Нягей» с последующим добавлением «-ус». Но для такого перехода нет устойчивых фонетических закономерностей, и эта гипотеза остаётся чисто умозрительной.

Одно можно сказать уверенно: фамилия Нягусева — результат культурного обмена, когда иноязычное прозвище или имя попало в русскую среду и получило стандартное фамильное оформление. Носители этой фамилии, скорее всего, потомки людей, живших в многонациональных регионах, где русские соседствовали с тюрками или горцами.