Фамилия Няньчур — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с детской речью или звукоподражанием. В её составе чётко выделяется корень «нянь-», который в русском языке напрямую отсылает к глаголу «нянчить» — заботиться, ухаживать за ребёнком. Суффикс «-чур» придаёт слову уменьшительно-ласкательный или, напротив, пренебрежительный оттенок (сравните: «мальчуган», «девчурка»). Таким образом, Няньчур могло быть внутрисемейным прозвищем младшего ребёнка, которого постоянно нянчили, или же, наоборот, старшего, кому поручали нянчиться с малышами.

В ономастике известна версия, что фамилия могла возникнуть из тюркского или финно-угорского корня, однако она менее убедительна. Во-первых, суффикс «-чур» характерен именно для русской народной речи, особенно северных и сибирских говоров, где он активен в прозвищах. Во-вторых, прямых тюркских параллелей с таким звучанием не зафиксировано. Куда правдоподобнее, что Няньчур — это «домашнее» прозвище, которое закрепилось за человеком в детстве и перешло в фамилию.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской части России. В переписях XIX века Няньчуры встречаются в Вятской и Пермской губерниях, что косвенно подтверждает её русское диалектное происхождение. В тех краях слово «няньчур» могло означать не только «няньку», но и плаксу, капризного ребёнка — человека, требующего постоянного внимания.

История написания фамилии проста: она не менялась под влиянием книжной нормы, так как не попала в дворянские гербовники. В документах встречается только один вариант — Няньчур, без окончания -ов или -ин. Это указывает на то, что фамилия оформилась как прозвище в среде крестьян или посадских людей, где патронимический суффикс часто опускали. Носитель такой фамилии, скорее всего, был простым человеком, чьё прозвище вросло в род.