Фамилия Ныкова — женская форма фамилии Ныков, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. Фамилия Ныков образована с помощью стандартного русского патронимического суффикса -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Ныка). Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Нык.

Самая прямая и правдоподобная версия связывает прозвище Нык с глаголом «ныкать». В русских говорах это слово имело два основных значения: «прятать, таить» (отсюда «заныкать» — спрятать) и «хныкать, плакать, ныть». В первом случае Ныком могли прозвать скрытного, себе на уме человека, который что-то постоянно прячет или утаивает. Во втором — капризного, плаксивого ребёнка или взрослого, склонного к нытью. Оба значения бытовали в крестьянской среде, где прозвища давались по яркой черте характера.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «нык» — так в некоторых областях называли хомут или часть конской упряжи. В этом случае прозвище мог получить шорник или человек, торгующий сбруей. Однако эта версия слабее: слово узкоспециальное и вряд ли стало бы массовым прозвищем.

Фамилия Ныков встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении. Основной ареал — северные и центральные области России (Вологодская, Архангельская, Кировская области). В этих краях глагол «ныкать» в значении «прятать» был особенно употребителен, что подтверждает первую версию.

С точки зрения модели, фамилия Ныкова — типичный пример «говорящей» фамилии, образованной не от крестильного имени, а от бытового прозвища. В отличие, скажем, от фамилий на -ский, которые часто указывали на географическое происхождение, Ныковы — это потомки человека, которого в деревне знали по какой-то одной приметной черте: либо он был скрытным, либо плаксивым.