Фамилия Окнеев — редкий случай, когда связь с нарицательным словом лежит на поверхности, но не стоит торопиться с выводом. Казалось бы, основа «окн» прямо указывает на окно, однако в русских фамилиях такое прямое заимствование из бытовой лексики встречается нечасто. Скорее всего, перед нами не прозвище плотника или стекольщика, а искажённая форма от имени или другого, более древнего прозвища.

Самая вероятная версия — происхождение от крестильного имени Оникей (каноническая форма Онисим, в просторечии — Анисим, Онисим, Оникей). В народном произношении имя Оникей нередко звучало как «Окней» (с утратой «и» и упрощением звукосочетания). От этой обиходной формы и могла образоваться фамилия Окнеев: Окней → Окнеев (сын Окнея). Суффикс -ев указывает на принадлежность, характерную для фамилий, образованных от имён на мягкий согласный или -й. Подтверждение этой версии — существование фамилий Окнеев и Окнеевский, особенно в южнорусских и поволжских областях, где имя Оникей было в ходу.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «окней» — так в некоторых говорах называли рыбу окунь (с перестановкой звуков). В этом случае прозвище Окней мог получить рыбак или человек, чем-то напоминавший окуня (например, выпуклыми глазами). Однако эта версия слабее: перестановка «окунь → окней» нехарактерна для большинства русских говоров, а фамилия Окунев встречается в десятки раз чаще.

Третья, самая прямолинейная гипотеза — от прозвища Окно. Но в русской ономастике фамилии от «окна» почти не фиксируются: это слово слишком нейтральное, не давало яркой характеристики человеку. Если бы прозвище и возникло, оно скорее дало бы форму Окнов или Окнин, а не Окнеев. Поэтому версия с именем Оникей остаётся основной и наиболее подтверждённой логикой словообразования.