Фамилия Онотин — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной основой. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Онотин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Онота. Вопрос в том, что скрывается за этим Онотой.

Самая вероятная версия — связь с каноническим крестильным именем Иона. В народном произношении имя Иона нередко звучало как Оно́й или Оно́ха, а уменьшительная форма — Оно́та. Подобный переход «и» в «о» под ударением характерен для северных и сибирских говоров. Таким образом, Онотин — это «внук Ионы». Иона — библейское имя, известное по истории пророка, которого проглотил кит, и в святцах оно было нередким, особенно среди духовенства и крестьян в XIX веке.

Менее распространённая, но лингвистически допустимая версия — от прозвища Онота, связанного с диалектным словом «онота» или «онотки». В некоторых русских говорах так называли обувь из сыромятной кожи, поршни. Прозвище Онота мог получить сапожник или человек, носивший такую обувь, либо, в переносном смысле, неопрятный или грубый человек. Однако эта гипотеза слабее, так как прозвища от названий обуви встречаются реже, чем производные от имён.

География фамилии Онотин узкая. Основной ареал — бывшая Вятская губерния (современные Кировская область, Удмуртия, Марий Эл). Встречается она и в соседних регионах — Пермском крае, Свердловской области. Это говорит о том, что фамилия сложилась в среде северорусского крестьянства, возможно, среди старообрядцев, которые часто сохраняли архаичные формы имён. В других регионах России Онотины — единичные случаи, скорее всего, результат миграции.

С точки зрения социальной истории, Онотины — почти наверняка крестьянский род. Фамилии на -ин в этой среде часто закреплялись за целыми деревнями или семьями, и в метрических книгах Вятки конца XVIII — XIX века можно найти записи о крестьянах Онотиных. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Коротко: фамилия Онотин образована от имени Иона через народную форму Онота. Это редкий вариант, не путать с более частыми Онучиным или Онохиным. Носители фамилии — потомки вятских или пермских крестьян, и корни её, скорее всего, уходят в XVII век.