Мужское крестильное имя Ананий в переводе с древнееврейского означает «отмеченный милостью Божией». В основу фамилии легла производная форма имени — Онюшка (Ананий < Анан < Онан < Онюшка). Скорее всего, основатель рода Онюшкиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Возможно также, что фамилия Онюшкина образована от производной формы имени Онуфрий (древнееврейское, «священный бык») — Онюшка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Онюшка, со временем получил фамилию Онюшкина.