Фамилия Онюшкина восходит к мужскому крестильному имени Ананий. В переводе с древнееврейского оно означает «отмеченный милостью Божией». В основу фамилии легла производная форма имени — Онюшка. Цепочка преобразований выглядит так: Ананий < Анан < Онан < Онюшка. Такая модель типична для русской народной традиции, где длинные и торжественные церковные имена в быту сокращали до коротких и удобных в произношении форм.

Скорее всего, основатель рода Онюшкиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. На это указывает сам тип фамилии: суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я и в XV–XVII веках был распространён именно в северорусских и поволжских землях, среди простого люда. Дворянские фамилии чаще образовывались через -ов/-ев, поэтому Онюшкины — фамилия демократичная, и в этом её историческая ценность.

Существует и вторая версия происхождения. Возможно, Онюшка — это производная форма имени Онуфрий, которое в древнееврейском толкуют как «священный бык». Оба имени — Ананий и Онуфрий — в народной среде давали схожие уменьшительные варианты, поэтому окончательно развести эти линии сложно. Однако версия с Ананием выглядит предпочтительнее: она объясняет больше промежуточных ступеней и встречается в ономастических работах чаще.

Как бы то ни было, потомок человека по имени Онюшка со временем получил фамилию Онюшкина. В патронимической системе русского языка это означало буквально «чьей будешь» — дочь, жена или вдова Онюшки. Сегодня фамилия бытует в формах Онюшкин и Онюшкина, и обе сохраняют память о том самом Онюшке, который жил несколько столетий назад.