Фамилия Пачганова образована от прозвища Пачган, и корни её ведут в Верхнее Прикамье, на территорию нынешней Республики Коми. В основе, скорее всего, лежит коми-пермяцкое слово «пажга» или однокоренной глагол «паджны» — «крутить, спутать, запутать». Но есть и другая, не менее интересная привязка: в Коми существует село Пажга, и тогда прозвище Пачган мог получить уроженец этих мест.

Третья версия связывает прозвище с русскими диалектными словами «пожега» (от «пожечь, сжечь») или «пажега» — так в народе называли нагноение на глазах. В прошлом в Верхнем Прикамье была широко распространена трахома, поэтому Пачганом могли прозвать человека с поражёнными глазами. Эта версия выглядит правдоподобной, поскольку болезнь была настолько обычной, что легко становилась источником уличного прозвища.

Менее вероятно, хотя и не исключено, что прозвище связано с диалектным глаголом «пачить» — «прислуживать, прислуживаться, хлопотать». В этом случае Пачганом называли слугу. Но эта версия уступает первым двум: слишком уж локальны и конкретны «пажга» и «пажега», чтобы отбрасывать их в пользу общего глагола.

Словообразовательная модель проста: к основе Пачган добавили типичный для русских фамилий суффикс -ов, а затем и окончание женского рода -а. Так что Пачганова — это буквально «дочь или жена Пачгана». Потомок человека с таким прозвищем со временем и получил эту фамилию, которая сегодня звучит как память о географическом или физическом прозвище далёкого предка.