Фамилия Пачненко — один из тех случаев, когда внешне прозрачное слово ставит перед исследователем больше вопросов, чем ответов. В первую очередь бросается в глаза суффикс -енко, типичный для украинской и южнорусской ономастики. В XVII–XIX веках так образовывали фамилии от прозвищ, профессий или личных имён, часто указывая на потомка («сын такого-то»). Основа «Пачн-» в украинском языке не имеет прямого и очевидного значения. Это не топоним и не распространённое ремесло.

Наиболее вероятная версия — фонетическое искажение или адаптация прозвища на базе глагола «пачкать». В украинском языке есть слово «пачкання» (пачкотня) и «пачкун» (неряха, тот, кто пачкает). Фамилия Пачненко могла означать «сын пачкуна» — то есть человека, которого в селе прозвали за неопрятность, либо, что реже, за профессию, связанную с краской, грязью или сажей (например, маляра или сапожника). Переход от «пачкун» к «Пачн-» объясним: в быстрой речи конечный суффикс мог редуцироваться, и прозвище закрепилось в форме «Пачня» или «Пачний», откуда и пошла фамилия.

Менее распространённая, но допустимая гипотеза — связь с диалектным словом «пач» (пучок, связка) в некоторых говорах Полесья или западных областей. Тогда Пачненко мог быть сыном человека, который вязал снопы, торговал пучками травы или имел прозвище за какую-то характерную деталь внешности. Однако эта версия слабее: слово «пач» в значении «пучок» плохо документировано и редко встречается в антропонимике.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к приграничным районам России (Белгородская, Курская области). В метрических книгах XIX века Пачненко встречаются в сёлах Полтавщины и Харьковщины. Сословно — почти исключительно крестьяне или казаки. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что логично для прозвища, образованного от бытового, часто нелестного слова.

Стоит отметить, что фамилия редкая. В современных базах данных её носителей насчитывается не более нескольких сотен. Это не ошибка переписчиков и не позднее искусственное образование — перед нами живой след народной словообразовательной традиции, где прозвище, данное по привычке или занятию, закрепилось за целым родом.