Фамилия Паненко образована по распространённой украинской модели с суффиксом -енко, который изначально означал «сын» или «потомок» того, кто указан в основе. Поэтому дословно Паненко — «сын Пана», «наследник Пана». Такая модель была особенно типична для Левобережной Украины, где фамилии на -енко в XVII–XVIII веках стали массово закрепляться за казаками и крестьянами.

Основа фамилии — прозвище Пан. В старину панами называли потомков поляков, переселенных в глубь дореволюционной России во время войн с Польшей. Это переселение шло волнами после конфликтов XVII века, и осевшие семьи долго сохраняли прозвище, указывавшее на их происхождение. Позже прозвище Пан, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах, а затем дало жизнь фамилии Паненко.

Существует и вторая гипотеза, менее привязанная к этническому контексту. Согласно ей, в основе лежит производная форма имени Панфил (Памфил) — Паня, которое с греческого переводится как «общий друг». В украинской народной среде имя Панфил сокращали до Пан, и от этой домашней формы тоже мог возникнуть отчество Паненко. Обе версии правдоподобны, но первая — с указанием на польское происхождение — выглядит убедительнее: она объясняет, почему прозвище закрепилось именно в форме Пан, а не в ласкательной Паня.

Стоит заметить, что фамилия Паненко встречается в основном на Украине и в южнорусских областях, куда переселялись украинцы. В русском языке её нередко адаптировали, произнося как Панёнко или даже Паненков, но исходная форма сохранила связь с украинской традицией именования. Если ваши предки носили эту фамилию, они, скорее всего, происходили из казацкой или крестьянской среды, где прозвища быстро превращались в наследственные родовые имена.