Фамилия Панко звучит лаконично и не сразу выдает своё происхождение. В русском языке её можно принять за украинскую или белорусскую, и это верное направление: фамилии на -ко типичны для этих регионов, особенно для западных областей Украины и юга Беларуси. Суффикс -ко в украинской ономастике выполнял роль уменьшительности или принадлежности, примерно как русский суффикс -ов/-ев, но с оттенком «сын такого-то» или «маленький, младший».

Основа фамилии — Пан. Это сокращённая форма крестильного имени Пантелеймон (от греческого «всемилостивый»). В народе имя сильно усекали: Паня, Панька, Панко. Таким образом, Панко — это производное от Пан, то есть «сын Пана» или «маленький Пан». Однако есть и другая, более прозаичная версия. В южнорусских и украинских говорах словом «пан» называли не только польского помещика, но и хозяина, господина, а иногда и просто зажиточного крестьянина. Прозвище Пан мог получить человек, который держался важно, богато одевался или работал у пана. Фамилия Панко тогда означала бы «потомок того, кого звали Паном».

С точки зрения словообразования, фамилия не получила дополнительного патронимического суффикса (вроде -ов или -ин), потому что суффикс -ко сам по себе выполнял эту роль в украинской традиции. В России такие фамилии часто русифицировали, добавляя окончание: Панков. Но форма Панко осталась в первозданном виде, что указывает на её преимущественно украинское или белорусское бытование. Встречается она и у поляков, но там чаще как Панко (Pańko) с носовым звуком.

В исторических документах фамилия нередкая: запорожские казаки с прозвищем Панко упоминаются в реестрах XVII века. В советское время фамилия не исчезла, но её носители в основном сосредоточены на Украине, в Беларуси и в приграничных областях России (Брянская, Курская). Встречаются и в Польше, но там написание может быть другим. Споров о происхождении почти нет: обе версии — от имени и от прозвища — правдоподобны, и в конкретной семье могло сработать любое из них, а иногда и оба сразу.