Фамилия Пафурин — редкий случай в русской ономастике, где основа неочевидна на слух и не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ин. В русских фамилиях он типичен для образования от основ, оканчивающихся на -а или -я: Пафурин значит «сын Пафуры» или «человек из рода Пафуры». Так что искать корень нужно в прозвище или имени Пафура.

Самая вероятная версия ведет к греческому имени Пафнутий (от др.-греч. Παφνούτιος, предположительно египетского происхождения, означавшего «принадлежащий Богу»). В русской народной традиции это имя давали в крестьянской среде, и оно легко обрастало уменьшительными формами. Пафура — одна из таких разговорных вариаций, подобно тому как от Афанасий получались Афоня и Афура. Суффикс -ур- в данном случае нестандартный: он мог возникнуть как замена более привычного -уш- (Пафуша) под влиянием местного говора или просто как случайное искажение. Фамилию Пафурин, следовательно, могли дать потомкам человека, которого в обиходе звали Пафурой, то есть Пафнутием.

Менее распространенная, но возможная гипотеза связывает Пафуру с диалектным словом «пафурить» — в некоторых северных говорах так говорили о человеке, который суетится, пыжится или важничает. Прозвище Пафура в этом случае получил бы суетливый или хвастливый крестьянин. Однако эта версия слабее: во-первых, глагол редкий и плохо зафиксирован в словарях, во-вторых, фамилии от имен всегда численно преобладают над прозвищными, особенно если имя церковное и известное.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где имя Пафнутий было распространено шире, чем на юге. Встречается она редко, что подтверждает ее происхождение от локального варианта имени, а не от массового прозвища. Социально носители Пафуриных — скорее всего, потомки крестьян или мещан, так как дворянские фамилии с таким корнем в исторических документах не прослеживаются.

Таким образом, основная версия — от имени Пафнутий через форму Пафура. Фамилия не имеет отношения к польскому или украинскому языку, это чисто русское образование, сохранившее в себе редкий вариант крестильного имени.