Фамилия Пакенко — яркий пример украинской модели фамилий, образованных с помощью суффикса -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в Украине, исторически означал «маленький», «сын» или «потомок» (аналогично русским фамилиям на -ов/-ев). Таким образом, Пакенко — это «сын Пака» или «маленький Пак».

Основа фамилии — прозвище Пак. Его происхождение неоднозначно и даёт нам две основные версии. Первая, наиболее вероятная, связывает прозвище с диалектным южнорусским словом «пак» — так в некоторых говорах называли паука. Прозвище Пак могли дать либо ткачу (по ассоциации с пауком-ткачом), либо человеку с цепкими, «паучьими» руками, либо тому, кто отличался особой хозяйственностью, «плетением» сетей в делах. Вторая версия отсылает к тюркскому имени Пак (или Бак), которое в переводе с тюркских языков означает «крепкий», «смотрящий». Встречается оно в форме личного имени или прозвища у народов, контактировавших с украинцами, например, у крымских татар или ногайцев. Однако версия с пауком выглядит более органичной для бытовой прозвищной культуры.

В отличие от многих фамилий на -енко, которые легко привязать к какому-то одному региону (Полтавщина, Киевщина), Пакенко встречается достаточно редко и не имеет выраженного ареала. Это говорит о том, что прозвище Пак было не слишком распространено, а значит, фамилия могла возникнуть в одном конкретном роду и не дать множества «гнездовых» ответвлений. Встречаются также варианты написания — Паченко (с чередованием к/ч), что характерно для украинской фонетики, и Пакин (русская модель образования).

Социальный статус первых носителей — скорее всего, казачество или крестьянство. Фамилии на -енко активно формировались в среде запорожских казаков и свободных крестьян в XVI–XVII веках, когда фиксация по отцу (сын Пака) была удобным способом идентификации человека в общине. Дворянского происхождения у фамилии Пакенко не прослеживается: она не попала в «Бархатную книгу» или списки столбового дворянства, что подтверждает её «народные» корни.