Фамилия Паххомовы — редкий пример того, как просторечное произношение церковного имени закрепилось в официальном родовом прозвании. В её основе лежит не каноническая форма Пахомий, а её народный вариант — Паххом, с удвоенной согласной на стыке корня и суффикса. Именно эта деталь отличает фамилию от более частых Пахомовых и сразу выдаёт её простонародное, бытовое происхождение.

Имя Пахомий пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка. Переводят его как «широкоплечий», хотя некоторые исследователи возводят его к египетскому имени, связанному с культом бога Гора. В церковном календаре почитается несколько святых с этим именем. Самый известный — преподобный Пахомий Великий, египетский монах IV века, основатель общежительного монашества. В народной памяти также сохранился образ мученика Пахомия, казнённого в 1780 году за отказ принять магометанство.

Разговорная форма Паххом возникла естественным путём: ударение в имени падает на второй слог, и в быстрой речи звук «и» редуцировался, а на стыке с окончанием появилось удвоение. Такое упрощение — типичный признак живой речи, где имена часто «обкатываются» до более удобного звучания. От этой формы и пошла фамилия: суффикс -ов присоединился к основе Паххом, что означало «сын Паххома» или «принадлежащий Паххому».

О точном месте возникновения фамилии говорить сложно. Процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и крестьянские семьи в центральной России получали их позже, чем дворянские. Двойное «х» в написании могло закрепиться случайно, из-за ошибки писаря, или намеренно, чтобы подчеркнуть народное произношение. Сегодня фамилия встречается редко, но именно эта редкость делает её ценным памятником живой славянской речи, сохранившим звучание имени таким, каким его слышали предки.