Основой фамилии Паххомов послужило церковное имя Пахомий. Фамилия Паххомов образована от крестильного мужского имени Пахомий, что в переводе с греческого означает «широкоплечий». В основе же фамилии лежит просторечная форма этого имени — Паххом. Покровителями этого имени считается святой мученик Пахомий, который за отказ принять магометанство был обезглавлен мусульманами в 1780 г. и преподобный Пахомий (IV в.). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Паххом, со временем получил фамилию Паххомов.