Основой фамилии Пахомков послужило церковное имя Пахомий. Пахом — одна из форм имени Пахомий, которое в переводе с греческого означает «широкоплечий». Покровителями этого имени считается святой мученик Пахомий, который за отказ принять магометанство был обезглавлен мусульманами в 1780 г. и преподобный Пахомий (IV в.). Фамилия Пахомков, вероятно, является отчеством второго порядка: Пахомков - сын Пахомко, внук Пахома. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пахом, со временем получил фамилию Пахомков.