Основой фамилии Пахомкина послужило церковное имя Пахомий. Пахомка — одна из форм имени Пахомий, которое в переводе с греческого означает «широкоплечий». Покровителями этого имени считается святой мученик Пахомий, который за отказ принять магометанство был обезглавлен мусульманами в 1780 г. и преподобный Пахомий (IV в.). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пахомий, со временем получил фамилию Пахомкина.