Фамилия Пахомкова — женская форма от Пахомков, а та, в свою очередь, образована от имени Пахом через характерный для русских фамилий суффикс -к- и далее -ов. В этом её главная особенность: суффикс -к- в основе указывает на то, что фамилия возникла не напрямую от канонического имени Пахом, а от его просторечной или уменьшительной формы — Пахомко. Такие формы в XVI–XVII веках были обычны в крестьянской и посадской среде: имя Пахом превращалось в бытовое Пахомко, а уже от него образовывали отчество — Пахомков сын, то есть «сын Пахомки».

Само имя Пахом — русская народная форма греческого Пахомий, что значит «широкоплечий» или «толстощекий». В святцах оно связано с преподобным Пахомием Великим, основателем общежительного монашества, но в народе имя было распространено шире церковных рамок. Двойной суффикс — сначала -к-, потом -ов — типичен для фамилий, которые закрепились за семьями, где отца звали уменьшительным именем. То есть предок носительницы фамилии Пахомкова был, скорее всего, Пахомко — невысокого роста или просто свой человек, которого называли ласково.

Географически фамилия чаще всего встречается в центральных и северных областях России, особенно в бывших Новгородских землях, где имя Пахом было особенно популярно. Встречаются также варианты написания — Пахомков, но форма Пахомкова указывает на женскую линию или на то, что фамилия закрепилась через мать. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян Пахомковых в писцовых книгах по Вологодскому и Костромскому уездам.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пахомов, Пахомкин, Пахомовский — показывает, что Пахомкова стоит в ряду тех, где суффикс -к- не является редким, но указывает на более конкретную, бытовую форму имени. Если Пахомов — это «сын Пахома», то Пахомков — «сын Пахомки», что звучит чуть проще и ближе к деревенскому говору. Таким образом, фамилия Пахомкова несёт отпечаток народной языковой традиции, где официальное имя сокращали до домашнего, а потом закрепляли за родом.