Фамилия Пахомкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Пахомкин послужило церковное имя Пахомий. Пахомка — одна из форм имени Пахомий, которое в переводе с греческого означает «широкоплечий». Покровителями этого имени считается святой мученик Пахомий, который за отказ принять магометанство был обезглавлен мусульманами в 1780 г. и преподобный Пахомий (IV в.). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пахомий, со временем получил фамилию Пахомкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Пахомкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пахомкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.