Фамилия Пахолкин образована от прозвища Пахолка, и корень здесь — диалектное слово, которое В. Даль зафиксировал в «Толковом словаре живого великорусского языка». «Пахолок» — это малый, парень, а также батрак, наемный работник. Так что первая и самая вероятная версия: прозвище Пахолка закрепилось за человеком, который работал по найму, возможно, батрачил на чужой земле. В крестьянской среде, где фамилии часто вырастали из бытовых прозвищ, такое именование было естественным и понятным окружающим.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Пахолкин — это «сын Пахолки», потомок человека с таким прозвищем. Модель образования простая и типичная для русских фамилий, но сам корень встречается не так часто, что делает фамилию заметной на фоне более распространенных Пахомовых или Пахолковых.

Есть и вторая версия, менее очевидная. В тех же говорах слово «пахолка» иногда означало нижнюю часть задней холки — у лошади или другого животного. Если прозвище давали по этой ассоциации, оно могло указывать на внешность: так могли прозвать невысокого человека или того, у кого была сутулая, покатая спина. Эта гипотеза слабее первой — прозвища, связанные с наймом и работой, в крестьянской среде встречались чаще, чем зоологические метафоры, но полностью исключать ее нельзя. Возможно, в разных местностях прозвище возникало независимо и с разными смыслами.

Исторически фамилия бытовала преимущественно в северных и центральных губерниях России, где слово «пахолок» в значении «работник» было в ходу. В южных регионах чаще употребляли «казак» или «наймит», поэтому там фамилия приживалась хуже. Впрочем, точную географию расселения Пахолкиных можно установить только по архивным документам — переписным книгам, ревизским сказкам, метрикам.

Процесс формирования фамилии мог быть длительным. Прозвище Пахолка закреплялось за человеком, переходило к детям, а уже внуки или правнуки получали устойчивую фамилию Пахолкин. В разных ветвях рода это могло произойти в разное время и в разных уездах, поэтому говорить о едином месте и точной дате возникновения фамилии нельзя без серьезных генеалогических изысканий. Но основа ясна: перед нами прозвище, выросшее из живого народного слова, которое описывало либо занятие человека, либо его внешность. И в этом — самобытность фамилии, сохранившей память о диалектной речи своих первых носителей.