Фамилия Пахолкин образована от прозвища Пахолка. Вероятно, оно восходит к диалектному нарицательному «пахолок», которое в «Толковом словаре живого великорусского языка» В. Даля имеет значение «малый, парень; батрак, работник». Так могли называть наемного работника. Кроме этого, иногда слово «пахолка» употреблялось в значении «нижняя часть задней холки». В этом случае подобное прозвище могло указывать на внешность основателя рода. Прозвище Пахолка мог получить невысокий человек. Так и прозвище Пахолка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Пахолкин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пахолка, со временем получил фамилию Пахолкин.