Фамилия Пахмурный — живой, но редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию без изменений, сохранив свою первоначальную форму. В отличие от большинства русских фамилий, образованных с помощью суффиксов принадлежности (-ов, -ин), Пахмурный застыла как прилагательное, отвечающее на вопрос «какой?». Такая модель типична для украинской и белорусской ономастики, а также для южнорусских регионов, где фамилии на -ый/-ий встречаются чаще, чем на севере.

Основа фамилии — слово «пахмурный», диалектный вариант общеизвестного «пасмурный». В говорах звук «с» перед «м» часто выпадал или заменялся на «х»: отсюда «пахмурный» вместо «пасмурный». Значение прозвища полностью прозрачно: так называли хмурого, угрюмого, неразговорчивого человека, который редко улыбался. Прозвища по характеру и внешнему виду — один из самых древних пластов русских фамилий, и Пахмурный стоит в одном ряду с такими же «погодными» фамилиями, как Хмурый, Мрачный, Ненастный.

Интересно, что корень «пасмурный» этимологически связан со словом «мур» — так в древнерусском языке называли облако, туман или сумрак. Таким образом, Пахмурный — это не просто «угрюмый», а буквально «затянутый облаками», «мрачный, как небо перед дождём». Прозвище могло быть и необидным — в крестьянской среде его давали не в насмешку, а как точную бытовую характеристику, которая закреплялась за человеком и его потомками.

Сословное происхождение фамилии, скорее всего, крестьянское или казачье. Фамилии-прилагательные в форме именительного падежа (Пахмурный, Толстый, Кривой) редко встречались у дворянства, которое предпочитало фамилии на -ский или -ов. В документах XIX века носители фамилии Пахмурный фиксируются преимущественно на территории современной Украины (особенно в Черниговской и Полтавской губерниях) и в южных областях России — Курской, Воронежской.

Спорных версий происхождения у этой фамилии практически нет: связь с «пасмурным» настолько прямая и очевидная, что альтернативные гипотезы (например, от тюркского корня) выглядят натяжкой. Если и существует редкий вариант написания через «о» — Похмурный — он лишь подтверждает диалектное произношение, характерное для украинского языка («похмурий»).