Фамилия Пахольчишина встречается редко, и её разговорная, «материнская» форма (на -ина) указывает на женскую линию или на то, что в основе лежало прозвище, а не крестильное имя. В русской ономастике фамилии на -ин чаще всего образуются от основ, оканчивающихся на -а/-я, и здесь мы имеем дело с цепочкой: Пахольчиш → Пахольчишин → Пахольчишина.

Корень — «пахоль» или «пахол». Самое вероятное объяснение восходит к древнерусскому слову «пахолок», которое означало «мальчик», «слуга», «подросток» или «работник». В словаре Даля «пахолок» — это парень, батрак, младший слуга. В белорусском и украинском языках «пахолок» сохранило значение «подпасок» или «малый работник». Таким образом, прозвище Пахоль или Пахолок давали младшему сыну, подростку или наёмному работнику, что было распространено в крестьянской среде.

Суффикс -чиш- в основе (Пахольчиш) — это уменьшительно-уничижительная или, напротив, ласкательная форма, характерная для польского и западнорусского влияния. Сравните: пахолок → пахольчик → Пахольчиш (с заменой -к- на -ч- и добавлением -иш-). Такая модель встречается в фамилиях типа Мальчишко, Хлопчиш, где суффикс -иш- указывает на принадлежность к младшему поколению или на пренебрежительный оттенок. Фамилия Пахольчишин, от которой образована женская форма Пахольчишина, буквально означает «чей-то сын Пахольчиша», то есть потомок человека по прозвищу Пахольчиш.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам России, а также к Беларуси и Украине, где слово «пахолок» было в ходу. Встречается она и в польском написании (Pacholczyk, Pacholczyszyn), но в русском варианте сохранила характерное окончание -шина, что типично для фамилий, образованных от прозвищ на -иш. Сословно носители, скорее всего, происходили из крестьян или мещан, так как прозвище указывает на социальное положение, а не на дворянский титул.

Есть и альтернативная, менее правдоподобная версия: связь с диалектным «пахоль» — «пахнущий» или «запах». Но она слаба, потому что прозвища по запаху обычно давали с ярко выраженным отрицательным оттенком, а в основе фамилии лежит именно социальная характеристика. Таким образом, Пахольчишина — это фамилия, которая через цепочку уменьшительных суффиксов рассказывает о предке, который был младшим работником или подростком в чужом хозяйстве.