Фамилия Пахомцев — одна из тех, что прямо указывает на имя предка, но с неочевидным на первый взгляд суффиксом. В основе лежит каноническое имя Пахомий (греч. Pachomios — «широкоплечий», «крепкий»), которое в народной русской традиции превратилось в Пахом. Казалось бы, логичнее ждать фамилию Пахомов — и она действительно существует. Но Пахомцев образована по другой, более редкой модели: от производной формы Пахомец.

Суффикс -ец в данном случае мог указывать на принадлежность к определённой группе или местности. Пахомцем могли называть сына или младшего родственника Пахома, либо жителя села, где Пахомов было много. Однако основная версия — патронимическая: Пахомец — это уменьшительно-ласкательное или обиходное имя, от которого затем по схеме «чей?» возникла фамилия Пахомцев (с суффиксом -ев, так как основа заканчивается на ц). Сравните с фамилиями Кузнецов, Плотников — там тоже основа на -ец, но в именительном падеже. У Пахомцева основа Пахомец, а не Пахом.

Географически фамилия привязана к центральным и северным регионам России, особенно к бывшим Вятской и Костромской губерниям. В этих краях имя Пахом было в ходу у крестьян, и фамилия Пахомцев встречается чаще, чем Пахомов, что говорит о региональной особенности словообразования. В южных областях преобладает форма Пахомов.

Сословно Пахомцевы — почти исключительно крестьяне и мещане. Никаких знатных родов с такой фамилией не зафиксировано. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян Пахомцевых в переписных книгах Шацкого и Вологодского уездов. Любопытно, что в некоторых говорах «Пахом» стало нарицательным прозвищем для медлительного или простоватого человека, но это вторичное значение, не повлиявшее на происхождение фамилии.

Коротко: ваш предок не просто Пахом, а Пахомец — возможно, младший в семье или носитель ласкового имени. Фамилия редкая, но не уникальная: её носили, к примеру, уральские мастера-камнерезы в XIX веке, что подтверждается архивными записями о мастерах Пахомцевых на Екатеринбургской гранильной фабрике.