Фамилия Пакселева — редкая и неочевидная по происхождению. Если отбросить суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся основа Паксел. Самое простое объяснение — фамилия образована от прозвища или имени Паксель, которое, в свою очередь, могло быть заимствованием из немецкого или голландского языков. В морском деле паксель (от нидерл. packsell) — это косой четырёхугольный парус, ставившийся на бизань-мачте. Пакселем могли прозвать матроса, парусного мастера или корабельного плотника, работавшего с такелажем. В России XVIII–XIX веков, особенно в портовых городах вроде Архангельска, Кронштадта или Астрахани, голландские и немецкие морские термины легко переходили в прозвища. Фамилия Пакселев (женская форма Пакселева) могла появиться именно в такой среде.

Есть, однако, и другая версия, связанная с диалектами. В некоторых говорах русского Севера и Сибири «паксель» или «пакса» могло означать нечто вязкое, липкое, грязное — от слова «пакша» (сопля) или «паскуда» (пакость). Прозвище Паксель в таком случае давали неряшливому или нечистоплотному человеку. Эта версия менее вероятна, потому что фамилия встречается крайне редко и в основном фиксируется в документах XIX века, где носители — мещане и крестьяне нечернозёмных губерний, а не моряки. Но полностью исключать народную этимологию не стоит: прозвища часто были грубоватыми и точными.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на то, что основа оканчивается на мягкий согласный или на -ль. Форма Пакселева — это женский вариант, который в современном русском языке не склоняется, если речь о женщине, и склоняется, если о мужчине (Иван Пакселев, Анна Пакселева). Фамилия недворянская: суффикс -ев — типичный признак крестьянских и мещанских фамилий центральной России, полученных в XIX веке при переписях. Аристократические роды с такой фамилией неизвестны.

Географически Пакселевы встречаются в основном в Тверской, Ярославской и Костромской областях, а также в единичных записях в Санкт-Петербурге. Это поддерживает версию о позднем, «кабинетном» происхождении фамилии: священник или писарь мог записать услышанное прозвище без связи с морем. В любом случае, Пакселева — фамилия-загадка, где морской термин борется с диалектной бранью, и однозначного ответа без генеалогического поиска по конкретной семье нет.