Фамилия Пакша — редкий случай, когда исходное слово почти без изменений перешло в фамилию и при этом сохранило несколько возможных значений. В отличие от большинства русских фамилий на -ов или -ин, она представляет собой чистую основу без суффикса, что указывает на её позднее закрепление или на то, что она могла прийти из другой языковой среды.

Самое очевидное объяснение лежит на поверхности: в русских говорах «пакша» — это левша. Слово образовано от «пак» (наречие со значением «наоборот, навыворот») и родственно диалектному глаголу «пакшить» — делать что-то левой рукой. Прозвище «Пакша» давали человеку, который всё делал левой рукой, что в крестьянском быту было заметной особенностью. Эта версия самая правдоподобная, потому что прозвища по физическим признакам — один из главных источников русских фамилий.

Однако есть и менее очевидные варианты. В некоторых областях «пакшей» называли мешок или куль, а также неуклюжего, неповоротливого человека. В этом случае фамилия могла закрепиться за медлительным или нерасторопным предком. Наконец, нельзя исключать и финно-угорский след: в коми-пермяцком языке «пакша» означает «топор», а в некоторых диалектах — «коротышка». Учитывая, что фамилия встречается в Пермском крае и на Урале, версия с коми-пермяцким корнем имеет право на существование, хотя уступает по распространённости «левше».

Фамилия недворянская и нестарая — в документах XVI–XVII веков она почти не встречается. Её носителями были, скорее всего, крестьяне или посадские люди из северных и уральских губерний. Суффикса нет, поэтому определить регион происхождения по модели фамилии сложно, но география бытования (Пермская, Вятская, Архангельская губернии) подтверждает связь с северными русскими говорами и финно-угорским субстратом.

Известных носителей в истории немного, и это не случайно: фамилия оставалась локальной и не попала в высшие сословия. Её главная ценность — в многозначности. Человек с фамилией Пакша может с равной вероятностью вести род от левши, от неуклюжего мужика или от уральского мастера с топором. Выбрать одну версию без генеалогического исследования невозможно, но первая (левша) остаётся основной по частоте употребления слова в диалектах.