Фамилия Пакуля — редкий пример, где географическая привязка перевешивает очевидную, но ложную этимологию. На первый взгляд кажется, что в основе лежит украинское или южнорусское «пакула» — так в некоторых говорах называют паука. Однако массового прозвища «Паук» в форме Пакуля не зафиксировано, и версия эта слабая.

Куда надёжнее версия топонимическая. На карте современной Беларуси и Смоленщины встречаются деревни с названием Пакули, Пакулево. Фамилия могла закрепиться за выходцем из такого места: в русской традиции жителя деревни Пакули называли Пакулей, а его потомок получал фамилию Пакуля. Формант -я в безударном положении типичен для западнорусских и белорусских фамилий, образованных от прозвищ или названий селений.

Суффикса в привычном понимании в фамилии нет — она застыла в форме исходного прозвища или названия. Это так называемая «патронимическая» модель без оформления, редкая для центральной России, но встречающаяся на окраинах, в зоне польско-литовского влияния. Сравните с фамилиями Гуля, Коваля, Скряба.

Есть и третья, более экзотическая гипотеза: связь с финно-угорским корнем «pakku» — «мороз», «стужа». В Карелии и Вологодчине бытуют фамилии Паккулев, Пакулин. Если предки носителя фамилии Пакуля жили на Русском Севере, прозвище могло означать «морозный», «холодный» человек. Но без документального подтверждения это лишь предположение.

Сословная принадлежность носителей фамилии не определена: Пакули могли быть и крестьянами из смоленских деревень, и мещанами из западных городов. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается эпизодически, в основном в Витебской и Могилёвской губерниях.