Фамилия Паликыржа — редкая и на первый взгляд не поддающаяся прозрачной этимологии. Её структура сразу выдаёт нерусское происхождение: в русской ономастике практически нет фамилий с таким сочетанием согласных и финалью на -ыржа. Скорее всего, перед нами фамилия, записанная на слух от иноязычного прозвища, и географически она, вероятнее всего, связана с Украиной или южнорусскими областями, где была сильна тюркская или молдавская топонимика.

Наиболее правдоподобная версия отталкивается от тюркской основы. Корень «палык» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «рыба». Суффикс или вторая часть «-ыржа» может быть искажением тюркского «-ыр» или «-жы» (аффикс профессии) либо адаптацией слова «ыржы» — «певец» в некоторых диалектах. Таким образом, исходное прозвище Палыкыр или Палыкыржа могло означать «рыбак» или «торговец рыбой». В пользу этой версии говорит и то, что многие тюркские прозвища, ставшие фамилиями, образовывались именно по модели «объект промысла + суффикс деятеля».

Менее вероятна, но возможна и молдавская (румынская) этимология. В румынском есть слово «pălărie» — «шляпа», и слово «pălici» — «полицейские» (устаревшее). Однако фонетически «Паликыржа» с трудом выводится из этих основ без натяжек. Тюркская версия объясняет и жёсткое «ы» в середине, и характерный для тюркских фамилий финальный гласный, который при записи в русских документах мог превратиться в «-а».

Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах и не фиксируется старыми московскими боярскими списками. Это говорит о позднем, крестьянском или казачьем происхождении. Носители фамилии Паликыржа — это, скорее всего, потомки людей, получивших прозвище по роду занятий на южных границах России или в Малороссии, где смешивались славянские и тюркские языки. Единичные записи фамилии встречаются в Запорожье и в Краснодарском крае, что косвенно подтверждает связь с казачьей средой, где тюркские заимствования были обычным делом.

Если отбросить версии, остаётся одно: фамилия Паликыржа — живой след контакта культур, где русский писарь записал чужое прозвище так, как услышал. Точного перевода у неё нет, но смысл, скорее всего, утилитарный — указание на человека, который был связан с рыбой.