Фамилия Панчковский — типичная польская или западнорусская фамилия, образованная по модели «основа + суффикс -ский». Такие фамилии в Речи Посполитой давали шляхте или людям, владевшим землёй (от названия поместья), а позже, после разделов Польши, распространились среди всех сословий, в том числе среди крестьян и мещан на территории современной Украины, Беларуси и западных областей России.

Основа фамилии — Панчко. Это уменьшительная форма от имени Пантелеймон (в народном произношении — Пантелей, Пантюха, Панчо) или от редкого католического имени Панкратий. В польской традиции суффикс -ко (Панчко) характерен для уменьшительных имён, а -ский указывал на принадлежность к роду или местности. То есть Панчковский — буквально «сын или потомок Панчко».

Есть и вторая, менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Панчко, связанного со словом «пан» (господин, владелец). В диалектах западных губерний Российской империи «панчком» могли иронично называть человека, который корчит из себя барина, или же, наоборот, мелкого помещика. Тогда Панчковский — это «происходящий от того, кого звали Панчко», но уже без прямой связи с именем Пантелеймон.

Географически фамилия привязана к западу Украины (Волынь, Подолье, Галиция) и юго-востоку Польши. В российских архивных документах XIX века Панчковские встречаются среди мещан и однодворцев (потомков мелкой шляхты, потерявшей дворянство) Киевской и Подольской губерний. Встречается также вариант написания Панчковский с буквой «ё» — Панчковский, но это скорее описка или особенность местного произношения.

Фамилия довольно редкая. Её носители, скорее всего, происходят из одного компактного региона, где и возникла фамилия по названию хутора или по имени его основателя. Родственные фамилии — Панченко, Панчук, Паньковский, Пантелеев — отличаются суффиксами и отражают разные языковые традиции (украинскую, польскую, русскую).