Фамилия Паненышев — редкий пример, где разбор упирается не столько в корень, сколько в суффиксальную цепочку. В ней отчетливо видна модель «-ышев», характерная для северных и северо-восточных русских говоров (Вологодчина, Архангельская область, Вятка). Суффикс -ышев образует фамилии от прозвищ или имен на -ыш: Малыш → Малышев, Голыш → Голышев. Соответственно, Паненышев восходит к основе «Паненыш» — это либо прозвище, либо, что вероятнее, обиходная форма крестильного имени.

Самая прямая версия: Паненыш — это производное от имени Пан (Паня). В русской народной традиции Паня — уменьшительная форма от Пантелеймон (греч. «всемилостивый») или от Панкратий (греч. «всевластный»). В говорах к основе Паня- добавили суффикс -еныш, который обычно придавал оттенок уменьшительности или принадлежности (ср. «ребеныш» — ребенок). Таким образом, Паненыш — это «маленький Паня» или «сын Пани». А фамилия Паненышев, по модели «чей?» — «сын Паненыша».

Менее вероятная, но не исключенная версия: Паненыш могло быть прозвищем, образованным от диалектного слова «пан» (барин, хозяин) с тем же суффиксальным оформлением. Однако в северных говорах, где фамилия географически привязана, слово «пан» было редким и польским по происхождению, поэтому версия с каноническим именем выглядит убедительнее.

Фамилия не попала в число распространенных: она отсутствует в больших списках боярских и дворянских родов, не фиксируется в ранних писцовых книгах центральных уездов. Это указывает на позднее оформление — скорее всего, в среде крестьян или посадских людей Русского Севера в XVII–XVIII веках. В современных телефонных справочниках Паненышевы встречаются единично, преимущественно в Кировской области и Пермском крае, что подтверждает вятско-приуральский след.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Панышев, Панин, Панаев — показывает, что все они идут от одного корня Пан-, но различаются суффиксами. Паненышев — самый «длинный» и редкий вариант, сохранивший полную форму уменьшительного прозвища.