Фамилия Панфилушкина образована от уменьшительной формы мужского крестильного имени Памфил (в просторечии — Панфил). С греческого это имя переводится как «всеми любимый», что делает его редким примером имени-пожелания: родители, называя так сына, надеялись, что он вырастет человеком, к которому окружающие будут относиться с теплом и уважением.

В основе фамилии лежит форма Панфилушка — ласковое, домашнее обращение. Именно эта уменьшительная форма, а не полное имя, указывает на то, что основатель рода Панфилушкиных был человеком из простого сословия. В крестьянской и мещанской среде полные имена в быту почти не использовали: человека звали по уменьшительному имени, которое затем закреплялось за его детьми как фамилия. Так потомок человека по имени Панфилушка со временем стал Панфилушкиным.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: суффикс -ушк- придаёт имени уменьшительно-ласкательный оттенок, а фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Панфилушкин, то есть сын или дочь Панфилушки. Такая схема типична для русских фамилий, образованных от обиходных форм имён, и отличает их от фамилий на -ов/-ев, которые чаще возникали от полных или прозвищных основ.

Фамилия Панфилушкины встречается в исторических документах, преимущественно связанных с центральными и южными губерниями России. В Книге памяти Орловской области упоминается Панфилушкин Алексей Афанасьевич, родившийся в 1880 году в деревне Кошелево Урицкого района. Эта запись показательна: она фиксирует фамилию в крестьянской среде Орловщины, где имя Панфил было особенно распространено благодаря местному говору, смягчавшему начальное «Пам» в «Пан».

Родственные фамилии — Панфилов, Панфиловский, Панфилёнок — образованы от тех же корней, но Панфилушкина сохранила самую «домашнюю» форму исходного имени. Это делает её ценной для генеалога: по суффиксу можно уверенно говорить, что предки носителей фамилии были не дворянами, а людьми труда — крестьянами или ремесленниками, чьи имена в документах записывались так, как звучали в повседневной речи.