Фамилия Панфиленко восходит к крестильному мужскому имени Памфил, которое в переводе с греческого означает «всеми любимый». В основу же фамилии лег разговорный вариант этого имени — Панфил. Покровителем данного имени считался священномученик Памфил. Он также был знаменитым ученым, оставившим после себя библиотеку в 30 тысяч томов. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Памфил, со временем получил фамилию Панфиленко.