Фамилия Панфиле — редкий пример фамилии, которая застыла в начальной, неславянизированной форме. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, она сохранила исходное греческое звучание. Основа здесь — крестильное имя Панфил (от греч. pamphilos — «всеми любимый»), которое попало в святцы через византийское христианство. На Руси имя Панфил бытовало в простонародной форме Панфил, Панфила, но фамилии от него обычно оформлялись как Панфилов, Панфильев или Панфиленко.

Панфиле — это, скорее всего, украинский или южнорусский вариант, где суффикс -е выполняет роль окончания, а не патронимического форманта. В украинской ономастике фамилии на -е (например, Григоре, Василе) встречаются в западных регионах и фиксируют имя в звательном или кратком падеже. Альтернативная версия: фамилия могла возникнуть из прозвища Панфиле — так могли называть человека, который постоянно повторял «Панфил» (в значении «всеобщий любимец»), или выходца из семьи, где имя Панфил передавалось из поколения в поколение.

Географически фамилия привязана к зоне влияния польского и украинского языков — современные носители встречаются в Черновицкой, Хмельницкой областях Украины, а также в Молдове. В дореволюционных метрических книгах Панфиле могли записывать как Панфилэ, что подчёркивает молдавское влияние. Сословная принадлежность предков скорее всего — крестьяне или мещане, так как фамилии без стандартных русских суффиксов чаще оставались у непривилегированных слоёв.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Панфиле — это «замороженный» осколок старой традиции, когда фамилией могло стать простое имя без дополнительных приставок. В отличие от многочисленных Панфиловых, носители Панфиле сохранили более архаичную форму, что делает фамилию своеобразным лингвистическим маркером региона и эпохи.