Фамилия Папина восходит к нарицательному "папа". Можно предположить, что фамилию Папина мог получить мальчик, который воспитывался только отцом, без матери. Не исключено, что папой могли называть отца большого семейства, единственного кормильца. Так, из письменных источников известен Федор Семенович Папа Вислоухов-Сабуров (первая половина XVI в.) и Яков Папина (посадский человек, 1623 г., Белоозеро). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Папа, со временем получил фамилию Папина.