Фамилия Папис — редкий случай для русского ономастикона. Её происхождение неочевидно, и, скорее всего, она не является исконно русской. Первое, что бросается в глаза, — отсутствие типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский). Это указывает на то, что фамилия могла быть заимствована или образована от прозвища, которое закрепилось без дополнительного оформления.

Самая вероятная версия связывает фамилию Папис с греческим языком. В греческом слово «πάππος» (паппос) означает «дед», «старик» или «прародитель». В византийской и новогреческой традиции это слово могло использоваться как уважительное прозвище для старшего мужчины в роду, а затем перейти в фамилию. В таком случае Папис — это фамилия, указывающая на родоначальника, уважаемого старейшину. Подобные фамилии встречаются у греков Причерноморья и у понтийских греков, которые переселялись в Российскую империю в XIX — начале XX века.

Вторая версия, менее распространённая, но возможная в южных регионах, — это связь с румынским или молдавским словом «păpădie» (одуванчик) или диалектными вариантами, где основа «pap-» могла означать что-то пушистое или лёгкое. Однако это предположение слабое, так как фамилия Папис не фиксируется в массовых списках молдавских фамилий.

Фамилия могла появиться и в среде еврейских общин Восточной Европы. В идише есть слово «פּאַפּירעס» (папирэс) — «папироса», «сигарета». Прозвище Папис могли дать торговцу табаком или курильщику. Но такая версия менее вероятна, так как фамилии от названий курительных изделий встречаются реже, чем от имён или профессий.

Географически фамилия Папис в России встречается крайне редко, в основном в Краснодарском крае, Ростовской области и в Москве — то есть в местах исторического проживания греческих общин. Встречаются единичные носители на Украине и в Беларуси, но там происхождение может быть иным, возможно, связанным с польским «papież» (папа римский), что дало бы фамилию Папеж, а не Папис.

Таким образом, основная гипотеза — греческое происхождение от слова «дед». Фамилия Папис не имеет отношения к русским крестьянским или дворянским родам, а скорее всего, принадлежит потомкам греческих переселенцев.