Фамилия Пастернацкий происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Пастернацкий, вероятно, происходит от названия населённого пункта Пастернаки Дисненского уезда Виленской губернии. Скорее всего, основатель рода Пастернацких был его уроженцем. Согласно другой, менее вероятной гипотезе, фамилия Пастернацкий ведет свое начало от названия овоща "пастернак". В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Пастернацкий, со временем получил фамилию Пастернацкий. О точном месте и времени возникновения фамилии Пастернацкий в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пастернацкий представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.