Фамилия Пастернацкие — редкий пример фамилии, в основе которой лежит не имя и не прозвище, а название конкретного места. Вероятнее всего, её образовали от названия деревни Пастернаки, которая находилась в Дисненском уезде Виленской губернии. Такой способ называть человека по земле, откуда он родом, был одним из самых древних в славянской традиции: переселяясь в другой город или село, человек получал прозвание по месту прежнего жительства, и оно закреплялось за его потомками.

Если эта версия верна, основатель рода Пастернацких был уроженцем тех самых Пастернаков. Суффикс -цк- в фамилии указывает на притяжательное значение «из Пастернак», то есть отвечает на вопрос «откуда?». Подобная модель широко распространена у польских, украинских и белорусских фамилий, что неудивительно: Дисненский уезд исторически находился на территории, где славянские и балтские культурные влияния тесно переплетались. Сама фамилия, скорее всего, оформилась в среде польскоязычной шляхты или городского населения, где было принято фиксировать родовые прозвания в документах.

Существует и вторая гипотеза, но она заметно слабее. Согласно ей, фамилия могла произойти от прозвища Пастернацкий, данного человеку по названию овоща — пастернака. Такое прозвище могли дать огороднику или торговцу, но эта версия не объясняет характерный суффикс -цк-, который в славянских фамилиях почти всегда указывает на территориальную принадлежность, а не на занятие. Для прозвищ по ремеслу или продукту типичны другие форманты, например -ник или -ов. Поэтому версия с деревней выглядит гораздо правдоподобнее, и именно на неё стоит опираться, размышляя о происхождении фамилии.

Точное время возникновения фамилии Пастернацкие установить сложно: фамилии у непривилегированных сословий в этих краях закреплялись на протяжении нескольких столетий, и процесс этот был растянутым. Можно лишь предположить, что окончательно фамилия оформилась не ранее XVII века, когда практика передачи родовых прозваний по наследству стала повсеместной. Сами Пастернаки как деревня могли исчезнуть или сменить название, что часто случалось с небольшими хуторами и сёлами, но память о них сохранилась в фамилии. Сегодня фамилия Пастернацкие встречается редко, и каждый её носитель, по сути, хранит в своём имени название места, которого, возможно, уже нет на карте.