Фамилия Пастернацкий, вероятно, происходит от названия населённого пункта Пастернаки Дисненского уезда Виленской губернии. Скорее всего, основатель рода Пастернацких был его уроженцем. Согласно другой, менее вероятной гипотезе, фамилия Пастернацкий ведет свое начало от названия овоща "пастернак".