Фамилия Пастернацкий в своей основе почти наверняка имеет географическое, а не «овощное» происхождение. Наиболее убедительная версия связывает её с названием населённого пункта Пастернаки, который находился в Дисненском уезде Виленской губернии. Такой тип фамилий, оканчивающихся на -цкий, в польско-белорусской традиции как раз и указывал на выходца из конкретного места: основатель рода Пастернацких, скорее всего, был уроженцем этих Пастернаков. Модель образования простая: к названию села или деревни добавляли суффикс -цкий, и получалось указание на то, «откуда человек родом».

Вторая гипотеза, выводящая фамилию напрямую от названия овоща пастернака, выглядит заметно слабее. Если бы прозвище давали по растению, мы бы скорее ожидали форму Пастернаков или Пастернак, как у известного поэта. Форма же на -цкий жёстко привязана к топонимике. К тому же в ономастике известен целый ряд подобных фамилий, образованных от названий деревень с основой «пастернак» — например, Пастернакевич или Пастернаковский, что только укрепляет версию о существовании реального селения.

Интересно, что сам топоним Пастернаки, вероятно, уже имел «растительное» происхождение: так могли назвать место, где сеяли пастернак или где он рос в изобилии. Но для носителя фамилии это уже не имело значения — связь с конкретной малой родиной, с землёй предков, была важнее ботаники. Таким образом, фамилия Пастернацкий — это типичный пример географического прозвища, которое закрепилось за родом и пережило само селение, ныне исчезнувшее с карт.