Фамилия Пастушонков образована по редкой и показательной для русского севера модели. Её основа — не просто профессия, а именно уменьшительная форма: пастушонок — «мальчик-пастух, подпасок». Суффикс -онок в русских фамилиях указывает не столько на возраст, сколько на принадлежность: чей? — пастушонков, то есть сын или внук пастушонка. Здесь два суффикса подряд: сначала -онок (уменьшительно-родовой), затем -ов (притяжательный, «из семьи такого-то»). Такая цепочка характерна для фамилий, которые закрепились в крестьянской среде не сразу, а через прозвище младшего поколения.

Географически фамилия тяготеет к северным и северо-западным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской, отчасти к Вятке. Именно там суффикс -онок в фамилиях встречается чаще, чем в средней полосе (ср. типичные северные фамилии Козлёнков, Рыжонков, Галчонков). В южнорусских и западнорусских землях ту же основу оформили бы иначе: Пастушенко, Пастушонко или Пастушкевич.

Первым носителем прозвища Пастушонок был, скорее всего, подросток или молодой мужчина, который пас деревенское стадо. В XIX веке пастушество часто поручали мальчикам — это был сезонный подработок до начала полевых работ. Прозвище могло закрепиться за семьёй, если в ней несколько поколений подряд занимались выпасом, или же если отец был пастухом, а сына в деревне звали «пастушонком». Фамилия не дворянская и не купеческая: она из крестьянского или мещанского сословия, что подтверждается аграрным корнем и «простой» словообразовательной моделью.

Варианты написания в старых документах могли колебаться: Пастушонков, Пастушанков, реже Пастушенков. Разница в букве («о» или «а» после «ш») объясняется акающим произношением, которое в северных говорах встречалось реже, но в записях приказчиков и писарей могло отражать местный выговор. Единственно верный с точки зрения этимологии вариант — через «о», от слова пастушонок, а не от гипотетического «пастушанок».

В отличие от массовой фамилии Пастухов (прямо от профессии), Пастушонков сохраняет оттенок уменьшительности и династической привязки. Это не «пастух», а именно «сын того, кого звали пастушонком». Такое различие часто ускользает от носителей фамилии, но именно оно делает её уникальной: она рассказывает не просто о роде занятий, а о семейной истории — о мальчике, который пас коров и чьё прозвище передалось внукам уже как официальная фамилия.