Фамилия Пастушин образована от названия профессии — пастух. Это одна из так называемых «профессиональных» фамилий, которые давали по роду занятий главы семьи. В данном случае суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — «пастухов», то есть сын пастуха. Модель типична для центральных и северных русских говоров, где притяжательные прилагательные на -ин активно использовались для фамилий от основ на -а, -я.

Интересно, что основа «пастух» в русских диалектах имела варианты: «пастушок», «пастушеня», «пастухин». Фамилия Пастушин могла закрепиться в форме, близкой к уменьшительному «пастуш-», что встречается реже, чем прямой вариант Пастухов. В ономастических справочниках фамилия не относится к числу частых — она уступает по распространённости Пастухову, но встречается в Поволжье и на юге России, где скотоводство было основой хозяйства.

Поскольку пастухи не принадлежали к привилегированным сословиям, фамилия Пастушин — крестьянская по происхождению. В документах XVII–XVIII веков такие прозвища фиксировали в переписных книгах: «Ивашко пастух» мог стать Иваном Пастушиным уже в следующем поколении, когда прозвище перешло в наследственную фамилию.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Пастухов, Пастушков, Пастушенко) показывает, что Пастушин — вариант с севернорусским суффиксом, тогда как Пастухов типичен для юга и центра. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они жили в регионе, где преобладала модель на -ин, и занимались выпасом скота — не обязательно в одиночку, но как основным семейным ремеслом.