Фамилия Пастушенков — яркий пример того, как в русской фамилии соединились украинский корень и типично великорусский суффикс принадлежности. Основа здесь — «пастух», человек, пасущий скот. Но не напрямую: в русском языке от «пастух» образовали бы Пастухов или Пастухин. А Пастушенков пошел от украинской или белорусской формы «пастушенко» — «сын пастуха», «маленький пастух», «пастушонок».

Суффикс -енк(о) в южнорусских и малороссийских землях означал потомка или молодую особу. Когда носитель такой фамилии (Пастушенко) переселялся севернее, в центральные или поволжские губернии, его дети или он сам получали уже «великорусский» патроним: Пастушенков — то есть «чей?» — «Пастушенков сын». Так фамилия «обрусела», сохранив память о южном происхождении рода. Обратите внимание: в отличие от Пастушенко, где ударение почти всегда на последний слог, в варианте Пастушенков ударение падает на второй слог: Пасту́шенков.

С точки зрения социальной истории, предки-носители этой фамилии почти наверняка были не просто пастухами, а людьми, для которых это занятие было наследственным или очень устойчивым прозвищем. В крестьянской среде прозвище «Пастух» давали не каждому, кто временно пас скотину, а тому, кто делал это постоянно, часто нанимался на всю деревню. Фамилия Пастушенков, таким образом, фиксирует не единичный случай подработки, а профессиональную идентичность целой семьи.

Интересно, что фамилия эта встречается не повсеместно, а имеет заметный «пятнистый» ареал. Она редка в исконно русских северных областях, но встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях — как раз на стыке великорусского и малороссийского населения, где и происходила такая «переделка» фамилий на -енко в фамилии на -ов. Так что, скорее всего, ваши предки жили на южных рубежах Московского государства или в Слобожанщине, а затем расселились по центральной России.