Фамилия Пастушеня образована от прозвища Пастух, которое относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род занятий человека. Очевидно, что основатель рода Пастушеня пас скот. Суффикс –еня указывает на белорусское происхождение фамилии Пастушеня.