Фамилия Пасунько звучит на украинский лад и с большой вероятностью происходит с территории современной Украины или юга России. Её выдает характерный суффикс -ко, который в украинской ономастике выполняет ту же роль, что русские -ов и -ин: он превращает прозвище или имя в фамилию, часто с уменьшительным или фамильярным оттенком. Без этого суффикса основа «Пасунь» почти не встречается в современных документах, что и указывает на её прозвищное происхождение.

Корень «пас-» здесь самый прозрачный. Он восходит к глаголу «пасти» или к существительному «пас» (выпас скота). Пасунько — это, скорее всего, потомок пастуха. В украинских говорах слово «пасун» или «пасунь» могло означать человека, который пасет скот, особенно овец или коров. Суффикс -ун- в основе (пас-ун) типичен для названий лиц по действию: бегун, говорун, шалун. Соответственно, Пасунь — это «пастух», а Пасунько — его сын или потомок, то есть «маленький пастух» или «сын пастуха». Такая модель образования фамилий очень распространена: от прозвища, обозначающего профессию, через уменьшительную форму переходили к родовому имени.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с личным именем. В старых украинских и белорусских говорах существовало имя Пасуня — гипокористическая (ласкательная) форма от Павел или Пафнутий. В таком случае Пасунько — это «сын Пасуни», то есть «Павлович» или «Пафнутьевич», но в народном, а не церковном звучании. Однако эта версия слабее: имя Пасуня не зафиксировано в святцах и встречается редко, а связь с пастушеским ремеслом лежит на поверхности и подкреплена географией фамилии.

Географически фамилия Пасунько тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкасщине, а также встречается в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах массового переселения украинских крестьян в XVIII–XIX веках. Это подтверждает и социальный контекст: пастушество было распространённым занятием среди казаков и крестьян, а фамилия на -ко часто указывает на непривилегированное сословие. Среди дворянских родов Пасунько не встречается — это фамилия простого люда, пастухов и земледельцев.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Пасунько стоит в одном ряду с Пасечник (пасечник), Пастухов (русский вариант) или Пащенко (от «пасок» — пояс пастуха). Но у Пасунько есть своя особенность: суффикс -унь- в основе встречается реже, чем -ух- или -уш-, что делает фамилию более редкой и узколокальной. В отличие от массового Пастушенко, Пасунько не получил широкого распространения, а остался привязанным к конкретным сёлам и хуторам, где прозвище Пасунь было в ходу.